全国政协委员、国土资源部原党组成员、中国地质调查局原局长孟宪来建议，在展开资源税改革的同时，不应更进一步改革完备矿产资源补偿费制度。 孟宪来认为， 随着经济的发展、改革的深化，与时俱进地改革完备实施多年的矿产资源补偿费制度是必定的。但是，把矿产资源补偿费看做一般的行政性收费，主张将二者拆分，只保有资源税，则弱化了国家矿产资源的财产权益。
他指出，目前我国矿产资源税费制度中确认的各项税、酬劳分别调整某一方面的经济关系，虽有不尽极致之处，但相互之间并无实质性的冲突和交叉。实施矿产资源补偿费制度，目的是确保国家对矿产资源的财产权益，本质是国家凭借矿产资源的所有权向矿业权人征税的费用，调节的是资源所有者与采矿权人之间的产权关系，并对已消耗的资源性资产展开货币性资产补偿。无论企业盈利与否都应该对国家的资源耗尽展开补偿，按规定交纳矿产资源补偿费。
这种规定与国际上通行的由国家征税的矿产资源权利金，其法律意义是一样的，似乎不是一般意义上的行政性收费。资源税则是政府为符合行政职能的财政必须，凭借其政治权力以希望企业平等竞争为目的征税的，主要是为了调节因为地理、交通、资源禀赋等有所不同导致的研发主体间的级差收益。
二者各有其有所不同的征税目的和调节功能，无法互相替代。 孟宪来建议，更进一步改革完备矿产资源补偿费制度，提升矿产资源补偿费征税费率。
《矿产资源补偿费征税管理规定》的序言明确规定了明确矿种的征税费率，最低为4%，低于为0.5%，平均值为1.18%。转入新世纪以来，我国矿业经济较慢发展，矿产品量价齐升，偏高的矿产资源补偿费征税费率与这种矿业发展现状不相适应，影响国家所有者财产权益的构建，影响国家宏观调控的力度。建议有关部门研究在清扫一般性行政收费的同时，提升矿产资源补偿费征税费率，名正言顺地确保国家对矿产资源的财产权益，并完备征税的方式方法。
同时，不应调整矿产资源补偿费收益的中央、地方分为比例，增大对地方发展的反对力度。随着矿产资源勘查、研发投资多元化的发展和矿产资源管理体制的改革，地方政府分担着更加艰巨的任务，建议对现行的矿产资源补偿费分为比例向地方弯曲，向矿产资源所在地弯曲，具体萃取一定比例用作强化矿区生态环境保护、完全恢复管理和人与自然矿区建设；向矿产资源富含但仍未研发、前景寄予厚望的地方弯曲，让这些地方有财力构建横跨发展。
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